Установим SQLite3:

apt install sqlite3

Восстанавливаем SQLite3:

sqlite3 ./home-assistant_v2.db ".dump" | sqlite3 ./home-assistant_v2.db.fix
mv ./home-assistant_v2.db ./home-assistant_v2.db.broken
mv ./home-assistant_v2.db.fix ./home-assistant_v2.db